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Conservación de Expedientes Laborales según SUNAFIL: Plazos, Soportes Digitales y Riesgos de Multa

Plazos de conservación de expedientes laborales según SUNAFIL, multas 2026 (UIT S/ 5,500) y cómo implementar expedientes digitales con valor legal en Perú.

Valeria Castañeda
14 min de lectura
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Puntos Clave

  • Las planillas de remuneraciones no tienen plazo de destrucción en la normativa peruana: deben conservarse de forma permanente porque acreditan semanas de aportación previsional que pueden reclamarse décadas después del cese laboral.
  • Un PDF escaneado guardado en Google Drive no sustituye al original ante SUNAFIL ni ante el Poder Judicial si el papel fue destruido. Solo la microforma con valor legal (D.L. 681 + NTP 392.030-2:2015, con Fedatario Informático y soporte WORM) tiene equivalencia probatoria plena con el documento original.
  • La obligatoriedad del SCTR depende de las actividades reales de los trabajadores según el Anexo 5 del D.S. 003-98-SA, no del CIIU registrado en SUNAT. Además, se requieren dos pólizas independientes: SCTR Salud y SCTR Pensión. Tener solo una es igualmente infractor.
  • Con la UIT 2026 en S/ 5,500, no llevar registro de control de asistencia puede costar hasta S/ 288,915 en una empresa no MYPE. El tiempo de respuesta ante un requerimiento SUNAFIL es de 5 a 10 días hábiles: quien no tiene el expediente organizado y accesible no puede defenderse aunque tenga los documentos en algún lugar.

Por qué SUNAFIL no avisa: expediente laboral digital y multas 2026

La primera lección que aprende cualquier empresa peruana al recibir un requerimiento en su casilla electrónica sin previo aviso es que SUNAFIL no anuncia sus fiscalizaciones. Desde 2021, la supervisión laboral opera de forma completamente digital, integrada con SUNAT y capaz de detectar irregularidades sin necesidad de visitar las instalaciones de la empresa. En ese escenario, el expediente laboral dejó de ser un archivo polvoriento del área de recursos humanos para convertirse en la primera línea de defensa frente a multas que, con la UIT 2026 en S/ 5,500, pueden superar las seis cifras.

El problema no suele ser la ausencia total de documentos. Es la incapacidad de encontrarlos, organizarlos y presentarlos dentro del plazo legal, que rara vez supera los 5 a 10 días hábiles. Una boleta guardada en un archivador deteriorado o un contrato disperso entre filiales equivale, en la práctica, a un documento inexistente cuando el inspector lo solicita.

Esta guía recorre los plazos de conservación que exige la normativa peruana, la escala de multas vigente, la diferencia crítica entre digitalización simple y microforma con valor legal, y un proceso paso a paso para construir un acervo laboral listo para responder a cualquier requerimiento.


1. Por qué el expediente laboral es su primera línea de defensa ante SUNAFIL

1.1 La fiscalización que no avisa: inspecciones inopinadas y virtuales

Desde 2021, SUNAFIL opera con expediente digital en sus intendencias regionales a nivel nacional. Esto habilitó un modelo de fiscalización que no requiere visita física: las auditorías virtuales se realizan mediante el cruce automático de información entre SUNAFIL y SUNAT, contrastando el T-Registro y la PLAME con la realidad declarada por el empleador.

Cuando ese cruce detecta una inconsistencia, el requerimiento llega directamente a la casilla electrónica de la empresa con un plazo típico de 5 a 10 días hábiles para responder. El sistema registra ese plazo de forma automática. Quien no tiene sus documentos organizados y accesibles no llega a tiempo, aunque los documentos existan físicamente en algún lugar de la empresa.

1.2 El principio de primacía de la realidad: cuando el inspector tiene más pruebas que el empleador

El principio de primacía de la realidad establece que, ante una discrepancia entre lo documentado y lo que ocurre en los hechos, prevalecen los hechos. SUNAFIL puede acreditar una relación laboral con evidencia externa: movimientos bancarios, registros de plataformas digitales, comprobantes de proveedores o testimonios de terceros.

La consecuencia es directa: la carga de la prueba recae sobre la empresa, no sobre el trabajador. Si el empleador no conserva sus propios documentos, pierde toda capacidad de defensa, porque el inspector puede llegar a contar con más evidencia sobre la relación laboral que el propio empleador.

1.3 El efecto UIT 2026: por qué las multas alcanzan su nivel más alto

La UIT 2026 equivale a S/ 5,500, el valor más alto registrado hasta la fecha. Como las multas de SUNAFIL se expresan en UIT, cada incremento de la unidad eleva proporcionalmente el monto en soles de toda la escala sancionadora. Una sola infracción grave en una empresa mediana puede superar los S/ 100,000, según el número de trabajadores afectados.


2. Los cinco documentos que SUNAFIL siempre solicita

En toda fiscalización laboral existen documentos que los inspectores piden de forma sistemática. No tenerlos disponibles dentro del plazo otorgado equivale, en la práctica, a no tenerlos.

2.1 Contratos de trabajo, especialmente modales

Los contratos a plazo fijo (modales) deben registrarse ante el MTPE dentro de los 15 días hábiles de celebrados. Sin el contrato en regla, SUNAFIL puede aplicar la presunción de contrato a plazo indeterminado, con todas las consecuencias en materia de estabilidad e indemnizaciones.

2.2 Boletas de pago

Las boletas de pago son obligatorias en cada abono de remuneración, sean físicas o digitales con constancia de entrega. El empleador conserva el duplicado o el registro digital por 5 años. Vencido ese plazo, la carga de la prueba del pago pasa al trabajador.

2.3 Planillas de remuneraciones y T-Registro

SUNAFIL tiene acceso directo al T-Registro y la PLAME. Si un trabajador aparece registrado y el empleador no puede presentar sus planillas o boletas correspondientes, la infracción se presume probada. El T-Registro debe actualizarse dentro de las 24 horas del ingreso del trabajador.

2.4 Registro de control de asistencia

El registro de control de asistencia es obligatorio para empresas con más de 5 trabajadores y debe consignar nombre, DNI, hora de entrada y salida, y horas extras realizadas. No llevarlo constituye infracción muy grave, el nivel más alto de la escala sancionadora.

2.5 SCTR: salud y pensión

El SCTR comprende dos coberturas independientes: SCTR Salud y SCTR Pensión. Contratar solo una es igualmente infractor ante SUNAFIL. La obligatoriedad no depende del CIIU registrado en SUNAT, sino de las actividades reales que realizan los trabajadores según el Anexo 5 del D.S. 003-98-SA.


3. Tabla maestra de plazos: cuánto tiempo conservar cada documento

La normativa peruana establece plazos distintos según el tipo de documento. Confundirlos o ignorarlos es uno de los errores más costosos en una fiscalización.

Documento Plazo mínimo Base legal Observación clave
Planillas de remuneraciones Permanente D.S. 001-98-TR Acreditan aportes previsionales décadas después
Boletas de pago (duplicado empleador) 5 años desde el pago D.S. 001-98-TR, Art. 19 Luego, la carga de prueba pasa al trabajador
Contratos modales 5 años desde el cese LPCL / práctica administrativa Conservar junto con sus adendas
Registro de control de asistencia 5 años Ley 27671 Exportar datos del sistema biométrico
Registros de accidentes de trabajo 10 años desde el evento D.S. 005-2012-TR, Art. 34 Plazo desde la fecha del accidente
Registros de enfermedades ocupacionales 20 años D.S. 005-2012-TR, Art. 34 Manifestación tardía de la enfermedad
Otros registros SST (capacitaciones, IPERC) 5 años D.S. 005-2012-TR Incluye matrices de riesgo
SCTR (pólizas y certificados) Vigencia + 5 años (recomendado) D.S. 003-98-SA Dos pólizas: salud y pensión
CTS (depósitos y constancias) 5 años D.S. 001-97-TR Constancia de depósito semestral
Exámenes médicos ocupacionales 20 años D.S. 005-2012-TR / RM 312-2011-MINSA Vinculados a vigilancia de la salud

3.1 El caso especial de las planillas: conservación permanente

Las planillas de remuneraciones no tienen plazo de destrucción. Son la fuente documental que acredita las semanas de aportación al sistema previsional (AFP u ONP), información que puede ser requerida décadas después del cese laboral cuando un extrabajador tramita su pensión y necesita reconstruir su historial de aportes. Por eso la conservación es permanente y sin excepción.

3.2 El plazo más largo: 20 años para enfermedades ocupacionales

Los registros de enfermedades ocupacionales y los exámenes médicos ocupacionales tienen el plazo más extenso del ordenamiento laboral peruano: 20 años. La razón es médica: enfermedades de origen laboral como las respiratorias o las derivadas de la exposición a sustancias tóxicas se manifiestan años o décadas después de la exposición. El plazo busca garantizar que exista evidencia disponible cuando el daño se hace visible.


4. Cuánto puede costar no tener los documentos: escala de multas SUNAFIL 2026

Con la UIT 2026 en S/ 5,500, los montos máximos de multa han alcanzado niveles que pueden comprometer la viabilidad financiera de una empresa mediana.

4.1 La escala oficial por tipo de empresa

La escala sancionadora distingue tres categorías de empresa y tres niveles de gravedad. Los rangos siguientes son referenciales y se calculan sobre la UIT 2026 de S/ 5,500:

Categoría Leve (aprox.) Grave (aprox.) Muy grave (aprox.)
Microempresa desde ~S/ 1,200 rango intermedio hasta ~S/ 13,500
Pequeña empresa desde ~S/ 1,600 rango intermedio hasta ~S/ 145,000
No MYPE desde ~S/ 1,500 rango intermedio hasta ~S/ 289,000

Los montos finales dependen del número de trabajadores afectados, factor que multiplica la base dentro de cada nivel.

4.2 El multiplicador por trabajadores afectados

Las multas no se aplican de forma fija: se calculan en función del número de trabajadores involucrados. Una boleta no entregada a un solo trabajador no equivale a una boleta no entregada a cincuenta.

Ejemplo ilustrativo para una empresa no MYPE con 30 trabajadores afectados: una infracción grave de tipo documental ubicada en un tramo medio de la escala puede situarse entre las 10 y 15 UIT según el tramo aplicable, lo que equivale a un rango aproximado de S/ 55,000 a S/ 82,500 sobre la UIT 2026. El mismo incumplimiento con un solo trabajador afectado se ubicaría en un tramo muy inferior.

4.3 Las infracciones documentales con mayor impacto económico

  • No llevar registro de asistencia: muy grave, hasta 52.53 UIT (aprox. S/ 288,915 en no MYPE).
  • No contar con SCTR en actividades de riesgo: grave o muy grave, hasta 20 UIT (aprox. S/ 110,000).
  • No registrar al trabajador en T-Registro dentro de las 24 horas: grave, puede superar los S/ 120,000 en no MYPE según el número de trabajadores afectados.
  • No depositar la CTS: grave, con monto escalado por número de trabajadores.
  • Obstaculizar la inspección al no presentar los documentos requeridos: constituye una infracción autónoma adicional que se suma a la infracción de fondo.

5. El problema del papel: deterioro, espacio y tiempo de respuesta

5.1 Lo que le pasa al papel en diez años

Humedad, insectos, incendios e inundaciones deterioran el papel de formas que no son recuperables. Para documentos con plazo de 20 años (enfermedades ocupacionales) o de conservación permanente (planillas), el riesgo de degradación física es real y está documentado en cualquier archivo que haya superado una década sin condiciones controladas de temperatura y humedad.

5.2 El costo invisible del archivo físico

El archivo físico genera costos que no aparecen en ningún balance: espacio de almacenamiento, personal dedicado a la búsqueda manual y, sobre todo, tiempo de respuesta. Si un inspector solicita los expedientes de 20 extrabajadores de hace 8 años, una empresa con archivo físico disperso puede tardar varios días hábiles en localizar, revisar y entregar esa documentación, consumiendo la mayor parte del plazo de 5 días disponible antes de que la respuesta sea posible.

5.3 El riesgo de la dispersión documental

Documentos repartidos entre sede central, filiales y almacenes externos; en distintos formatos (papel, hojas de cálculo, ERP, correos electrónicos); sin un índice unificado. En una fiscalización, la fragmentación documental es tan riesgosa como la ausencia de documentos: lo que no se puede encontrar y presentar dentro del plazo, para efectos prácticos, no existe.


6.1 El error más frecuente: escanear y asumir que es suficiente

Un PDF guardado en Google Drive o en un disco duro externo no tiene valor probatorio pleno ante SUNAFIL ni ante el Poder Judicial si el original en papel fue destruido. La digitalización simple es auxiliar y referencial, no sustituta del original. Sirve para consultar y organizar, pero no reemplaza legalmente al documento físico.

El Decreto Legislativo 681, promulgado en 1991, fue pionero en América Latina al establecer que las microformas “sustituyen a los expedientes y documentos originales micrograbados en ellos, para todos los efectos legales” (Art. 8). El Art. 9 equipara las copias de microformas al original en un proceso judicial.

Los requisitos que distinguen una microforma de la digitalización simple son:

  • Supervisión de Fedatario Informático certificado que acredita el proceso.
  • Almacenamiento en medio WORM (Write Once, Read Many), que garantiza la inalterabilidad del documento.
  • Certificación técnica bajo la NTP 392.030-2:2015, otorgada por organismos acreditados como SGS.
  • Habilitación legal para destruir los originales en papel una vez completado el proceso.

6.3 Tabla comparativa: digitalización simple vs. microforma

Aspecto Digitalización simple (PDF) Microforma con valor legal
¿Permite destruir el original? No
Valor probatorio en juicio Referencial Equivalente al original
¿Requiere Fedatario Informático? No
Soporte requerido Cualquiera (Drive, disco) WORM certificado
Certificación Ninguna NTP 392.030-2:2015
Admisibilidad plena ante SUNAFIL Limitada Plena

Paso 1: Auditoría documental previa

Inventario de todos los documentos laborales existentes por trabajador y por período. Identificación de brechas: documentos faltantes, deteriorados o no conservados según los plazos normativos. Sin este diagnóstico, la digitalización puede limitarse a reproducir en formato digital los mismos problemas del archivo físico.

Contratación de una empresa certificada con Fedatario Informático. El fedatario supervisa la captura y suscribe las actas de apertura y cierre del proceso. El almacenamiento se realiza en medio WORM certificado. Una vez emitida la microforma, los originales en papel pueden destruirse legalmente, liberando espacio y eliminando el riesgo de deterioro.

Paso 3: Organización del repositorio digital

Sistema de gestión documental con índices de búsqueda por DNI del trabajador, tipo de documento, período y estado. Control de versiones para contratos con sus adendas y modificaciones. El objetivo es el acceso rápido que permita responder un requerimiento SUNAFIL dentro del plazo legal sin depender de búsquedas manuales.

Paso 4: Política de retención y eliminación

Definir una matriz de plazos por tipo de documento e implementar alertas automáticas de vencimiento. Para planillas: conservación permanente sin excepción. Para boletas: 5 años desde el pago. Toda decisión de eliminación debe documentarse mediante acta firmada, para acreditar que la destrucción fue conforme a la normativa vigente.

Paso 5: Preparación para fiscalización

Mantener un expediente laboral digital por trabajador, tanto activos como extrabajadores. Designar a un responsable de la casilla electrónica SUNAFIL con un protocolo interno de revisión y respuesta en un máximo de 48 horas. Asegurar que el sistema permita exportar documentos en formatos estándar (PDF, XML) para la entrega al inspector.


8. SCTR: el documento que más empresas olvidan conservar correctamente

8.1 La trampa del CIIU vs. la actividad real

La obligatoriedad del SCTR no depende del código CIIU registrado en SUNAT, sino de las actividades reales que realizan los trabajadores según el Anexo 5 del D.S. 003-98-SA. Empresas de logística, construcción ligera, mantenimiento o agroindustria operan con frecuencia sin SCTR porque su CIIU aparentemente no lo exige, cuando la actividad concreta de sus trabajadores sí lo requiere. Esta confusión es una de las infracciones más frecuentes en fiscalizaciones sectoriales.

8.2 Dos coberturas, no una: salud y pensión

Muchos empleadores contratan solo una de las dos pólizas (SCTR Salud o SCTR Pensión) sin advertir que son coberturas independientes con contratos distintos. Ante SUNAFIL, tener solo una equivale a no tener ninguna.

8.3 Qué documentos conservar y por cuánto tiempo

El expediente SCTR debe incluir la póliza de salud y la póliza de pensión con la nómina de trabajadores cubiertos en cada período, además de los comprobantes de pago de prima correspondientes. La recomendación es conservar durante la vigencia más 5 años adicionales. En caso de accidente con enfermedad de aparición tardía, SUNAFIL puede requerir evidencia de cobertura de períodos anteriores.

8.4 El costo de un accidente sin cobertura

Sin SCTR vigente al momento del accidente, el empleador asume directamente todas las prestaciones médicas y pensionarias del trabajador afectado. A ello se suma la sanción administrativa: la multa máxima por ausencia de SCTR alcanza 20 UIT (aprox. S/ 110,000) en empresas no MYPE, con independencia del costo directo de la atención médica.


9. Los diez errores más comunes en fiscalizaciones y cómo evitarlos

  1. Confundir digitalización simple con valor legal. Verifique si su proceso cumple el D.L. 681 con Fedatario Informático y soporte WORM antes de destruir cualquier original en papel.
  2. Destruir planillas de remuneraciones transcurridos algunos años. Las planillas son de conservación permanente; nunca deben eliminarse.
  3. Conservar boletas pero no planillas, o a la inversa. SUNAFIL cruza ambos registros; mantenga el set completo y consistente.
  4. No exportar ni resguardar datos históricos del sistema biométrico. Programe exportaciones periódicas del registro de asistencia a un formato conservable fuera del sistema original.
  5. Desconocer la obligatoriedad del SCTR por actividad real. Revise el Anexo 5 del D.S. 003-98-SA puesto por puesto, sin limitarse al CIIU registrado.
  6. No monitorear la casilla electrónica SUNAFIL con regularidad. Asigne un responsable fijo y un protocolo de revisión diaria.
  7. No actualizar el T-Registro dentro de las 24 horas del ingreso. Integre el alta del trabajador como paso obligatorio del flujo de contratación.
  8. Guardar solo el contrato original sin sus adendas. Conserve el contrato y todas sus modificaciones como una sola unidad documental.
  9. No conservar documentación SCTR de períodos anteriores. Mantenga pólizas y comprobantes de prima históricos, no solo la póliza vigente.
  10. Asumir que registros digitales internos sin firma certificada son prueba suficiente. Sin certificación conforme al D.L. 681, un archivo interno tiene valor referencial, no probatorio pleno.

10. El acervo laboral listo para cualquier requerimiento

La fiscalización laboral en Perú es hoy más rápida, más digital y más integrada con SUNAT que en cualquier momento anterior. El cruce automático de información y el expediente digital de SUNAFIL han eliminado el margen de improvisación. En ese contexto, el expediente laboral organizado y con valor legal no es un gasto administrativo: es la diferencia entre responder un requerimiento en 48 horas o enfrentar una multa de seis cifras por documentos que existían pero no pudieron presentarse a tiempo.

En AyP Digital acompañamos a las empresas a construir ese acervo:

  • Microformas con valor legal certificadas bajo la NTP 392.030-2:2015 y el D.L. 681 (con certificación SGS): la única solución que permite destruir legalmente el papel y presentar el equivalente digital ante SUNAFIL o el Poder Judicial con plena eficacia probatoria.
  • Digitalización profesional con OCR/ICR para la migración de expedientes físicos históricos, con búsqueda por DNI, período o tipo de documento.
  • Software ePaper para la gestión del expediente laboral por trabajador, activos y extrabajadores, con control de plazos de retención y acceso remoto ante requerimientos.

Si no sabe con certeza en qué estado se encuentra el acervo laboral de su empresa, ese desconocimiento es, en sí mismo, el primer riesgo. Solicite una auditoría documental gratuita y obtenga un diagnóstico claro del estado de sus expedientes antes de que lo haga SUNAFIL.

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Preguntas Frecuentes

El empleador debe conservar el duplicado o registro digital de boletas por 5 años desde la fecha de pago, según el D.S. 001-98-TR. Pasado ese plazo, la carga de la prueba del pago se traslada al trabajador. Aunque el plazo legal es de 5 años, las boletas deben estar disponibles y accesibles: guardarlas en archivos físicos deteriorados o en sistemas sin índice de búsqueda equivale en la práctica a no tenerlas cuando SUNAFIL las requiere con plazo de 5 días hábiles.
No, a menos que se realice el proceso de microforma con valor legal conforme al D.L. 681 y la NTP 392.030-2:2015. La digitalización simple (escanear a PDF) genera copias de referencia sin valor probatorio pleno: si el original en papel es destruido, el PDF no puede sustituirlo ante SUNAFIL ni ante el Poder Judicial. La microforma con valor legal, supervisada por un Fedatario Informático certificado y almacenada en soporte WORM, sí permite la destrucción legal del original y tiene equivalencia probatoria con el documento físico.
La obligatoriedad del SCTR no depende del código CIIU de su empresa, sino de las actividades que realizan efectivamente sus trabajadores. El Anexo 5 del D.S. 003-98-SA lista las actividades consideradas de riesgo. Si alguno de sus trabajadores conduce vehículos de carga, opera maquinaria, realiza trabajo en altura, manipula sustancias peligrosas o trabaja en construcción o campo agrícola, probablemente requieren SCTR independientemente del giro principal de su empresa. Revisar este anexo anualmente con cada puesto de trabajo es la práctica recomendada.
El incumplimiento del plazo (5 a 10 días hábiles según el tipo de requerimiento) inicia automáticamente el proceso sancionador, incluso si la empresa tiene los documentos solicitados. Desde 2021, SUNAFIL opera con expediente digital en todas sus intendencias regionales: los requerimientos llegan por casilla electrónica y el sistema registra automáticamente los plazos. Se recomienda designar un responsable específico para la casilla electrónica SUNAFIL con un protocolo interno de respuesta máxima de 48 horas, para tener margen operativo antes del vencimiento legal.